穢れの獣による襲撃から飛空船団を護り、ボキューズ大森海に墜ちたエルネスティとアデルトルート。森に暮らす巨人族―カエルレウス氏族と出会った彼らはやがて、巨人族の間で起こる戦いの流れに呑み込まれていった。一方の銀鳳騎士団は飛空船団を再編成、森の奥深くを目指して進む。騎士団長を捜す彼らの行動は森にさまざまな影響を及ぼしてゆき、ついに巨人族の最大氏族であるルーベル氏族が動き出すに至った。圧倒的な力を持ち、さらに穢れの獣を引き連れたルーベル氏族の暴虐に立ち向かうため、エルたちは各氏族を糾合し、諸氏族連合軍の立ち上げを計画する。