ライディーンと妖魔の大戦から35年後の平和な世界。ごく普通の中学生・囀 晶が住む街は、突如現れた化石獣によって破壊されてしまう。その時、晶の心にライディーンの操縦者だったひびき 洸から声が届く。「俺の代わりにライディーンを駆れ」と…。一方、かつて洸と戦い敗れたプリンス・シャーキンも復活していた―――。古の巨神がよみがえり、少女の戦いが始まる!!