ソ連の秘密都市“ヤムスク１１”で明らかになったのは、この世界が『時間災害』によって生まれた歪んだ世界だという衝撃の事実。だが、宗介にとってもっと重大な事態が起こっていた。さまざまな苦難の末に再会したかなめに異変が起きていたのだ。宗介に向け銃を発砲したかなめは、歪んだ世界を元に戻すべく宿敵であるはずのレナードと共に姿を消してしまう。二人の行方は追う宗介たち“ミスリル”の生き残りメンバー。最後の決戦の地は皮肉にもかつての古巣メリダ島。全面核戦争による世界滅亡のカウントダウンが始まる中、最後のミッションがスタートする！ＳＦアクションの金字塔ついにクライマックス。