“グリークス本社とグリークス日本支部は、敵対していた―”激しい戦闘を終えてギリシャから帰還した謙吾たちは、上層部への不信を抱えつつも、何事もなかったかのように日常を送っていた。季節はバレンタイン。セルジュへの想いを打ち明けるアイナ、思わぬ告白に揺れる亜佑美、急速に接近する謙吾とユキナ。そんな中、謙吾の母の仇である爆弾テロリストに学園が占拠されてしまう。「これが爆弾なんですか？こんなのは見たことも聞いたこともない…」「…助ける？グリークスのあいつらを！？」戦場と化した海神学園、動き出す“バビロン・メディスン”、そして現れる“ＧＥＮＥＺが作られた真の目的”を知る者とは―。