大久保利通を暗殺した幕末の亡霊“志々雄真実”。その明治政府転覆の陰謀を食い止めるため、薫と別離の挨拶を交わし、剣心は一路京都へと東海道を急ぐ。愛する人々を渦中に巻き込まぬため、敢えて孤独な旅路を選んだ流浪人だが、運命はなおも彼を試す。道中出遭った追いはぎ娘・巻町操。蒼紫と御庭番衆を知る彼女の正体とは？