サマル中継基地に潜入していた三四郎は、「心の死」を乗り越えたカイと再会し、司令官奪還作戦を決行する。しかし、幾多の障害を乗り越えてグイドを救いだし、司令官の救出に向かった二人の前にさらなる困難が！！絶体絶命の状況の中、残酷な決断を迫られたカイと三四郎が取った行動とは！？そして全てが終わった後、彼らを待ち受けていたものは―。『青の軌跡』シリーズ、堂々の完結。