カリスマ女子高生「高山五十美」をＧＦ長官「山本五十六」役に迎え、火蓋が切られたゲームトーナメント『バーチャルシミュレーション“セカンド・ウォー・リアル”』。『同じ過ちは繰り返さない！』決意のもと、史実を超える大艦隊と超兵器群を従えて一路ハワイへと向かう日本海軍。だが、米国海軍もリアル世界での諜報活動や奇策を用いて、日本艦隊を迎え撃つ万全の準備を進めていた。そして、真珠湾作戦―日米開戦の時がやって来る。互いに謀略に謀略を重ね、予断を許さぬ攻防が続く。五十美たちは当初の戦いを優位に進めるも、米軍の艦隊攻撃により、一転して劣勢に立たされていく。大戦の趨勢を左右する大きな危機を、日本海軍は迎えていた。