ジャック・バウアーの“死”から１年半。ジャックは名前も過去も捨て、カリフォルニア州モハーベで潜伏生活を送っていた。そんななか、アメリカ合衆国にとって歴史的な日が訪れる。正式に大統領となったローガンとロシア大統領との間で、対テロ同盟が結ばれることになったのだ。目前に迫った首脳会談のため、最終準備を進めていたローガンのもとに、ある衝撃的な知らせが届く。時を同じくして、ジャックの旧知の者たちが命を狙われる事件が続発。トニー、ミシェル、そしてクロエ―彼らに共通するのは、ジャック死亡の偽装に関わったこと。自分が容疑者になっていることを知らされたジャックは、すぐさま行動に移るが…。超人気ドラマ第５シーズンが、前代未聞の展開で幕を開ける。