高校生の僕、椎名透は寮の自室にある押し入れの中にダンジョンができていることに気づく。中はまるでゲームのように広大なダンジョンで、その中心にある大きな樹の下に辿り着くと僕は目を見張った。幼い頃に事故で死に別れ、なぜか死体が消失したはずの妹、あーちゃんが眠っていたからだ。その日から僕とあーちゃんは押し入れの中にできたダンジョンのマスターになり、ダンジョンの成長を見守ることになった。「あーちゃん、ただいま」「おかえり、おにいちゃん」こうして今日も死んだはずの妹に会いに、僕はダンジョンへと向かう。その先に何が待っているのか僕はまだ知らなかった。『マカロン』のからてが描く、幸福で不幸で、けれど幸福な僕たちの物語。