西暦２０５９年。超長距離移民船団マクロス・フロンティアで暮らす早乙女アルトは、美星学園のパイロット養成コースに通いつつ民間軍事会社Ｓ．Ｍ．Ｓ．に所属し、多忙な生活を送っていた。歌姫ランカや銀河の妖精シェリル、悪友のミシェルやルカといった仲間に囲まれにぎやかな毎日だ。だがそんなある日、アルトたちが修学旅行で訪れた温泉旅艦“熱海”にテロリストの襲撃が！？戦いの合間の青春を描く「マクロスＦ」アナザーストーリー。