三日月小学校は、１０５年目を迎える超伝統校。天気図を描くのが趣味のリョータ、お屋敷に住むケンシロー、運動神経バツグンの翔が遅刻した朝、学校で不審な足跡が発見された。放課後、通称エコ部の七実を中心に、不審者を突き止めるべく、足跡を追っていくと…謎の多い理科部に行き当たった。そして、１０年前の嵐の動物園にタイムスリップ！？彼らのミッションは何？

リョータ、翔、ケンシローは遅刻した朝、動物の足跡を発見。調査に乗り出すと理科部へ続いていた。そして、１０年前へ…。理科する心は冒険する心！　１０５年の歴史ある三日月小学校の理科部の謎！？