虚無の世界の秘密を解き明かすため、旧“ログナス王国”の王都ウル＝シュカールの遺跡を訪れたレオニスたち。攫われたリーセリアと無事に再会をはたすものの、使徒ネファケスによって支配された“機神”―シュベルトライテが二人の前に立ちはだかる。苛烈な戦闘の最中、更なる戦乱を呼ぶがごとく、１０００年前のレオニスと同じ姿をした“不死者の魔王”が乱入する。「なぜ、俺がここにいる…！？」一方、フィレットの魔手に囚われるエルフィーネ。“獣王”相手に奮闘するシャーリの残る“第〇七戦術都市”にも、それぞれの思惑を胸に各勢力が集結しようとしていた―！