レイとゼーレがついに接触！？その時シンジは！？いつものように訓練をしているシンジ達だが、突然警告音が鳴り響く。実験施設で事故が起きた隙にレイがさらわれてしまったのだった！しかし、この事態を予測していたゲンドウはすでに手を回していたのだった。