ニンジャ千年王国（ミレニアム）、到来！？　ついに敵の総本山・キョート城への侵入に成功！次々と現れるグランドマスターと死闘を繰り広げるニンジャスレイヤー。コトダマ空間では、ナンシーvs女ニンジャがハッカー対決。ZBR中毒探偵ガンドーの復讐、囚われたユカノの脱出、転移ジツを操る双子ニンジャの反逆、占星術ニンジャによる新たな呪縛、ダークニンジャの暗躍、全ての思惑がキョート城で交錯し、ニンジャ支配の新世界「ニンジャミレニアム」が動き出したとき、ロード・オブ・ザイバツがその姿を現した！