“ＳＡＯ”事件から一年が経った。ある日。キリトは、総務省“仮想課”の菊岡誠二郎から奇妙な依頼を受ける。銃と鋼鉄のＶＲＭＭＯ“ガンゲイル・オンライン”で突如発生した“死銃”事件。漆黒の銃を持つ謎のアバターに撃たれたプレイヤーは、実際に現実でも“死”に至る…。その不気味な事件の捜査を断り切れなかったキリトは、“仮想世界”が“現実世界”へ物理的に影響を及ぼすことに疑いを抱きつつも、“ＧＧＯ”へとログインする。“死銃”の手懸かりを掴むべく、不慣れなゲーム内を彷徨うキリト。そんな彼に救いの手をさしのべたのは、長大なライフル“ヘカート２”を愛用するスナイパーの少女・シノンだった。新エピソード突入。