捕らえた幻獣共生派の真実を知り、５１２１小隊の隊員たちは愕然とする。見捨てられ、忘れられた人々のため、舞ら５１２１小隊は動き出す。しかし日本政府、高山の動きも不透明なまま。さらにその機先を制するかのように、突如として、最新装備に身を固めた謎の兵団が来襲する。慣れぬ対人戦闘に苦戦を強いられながら、５１２１小隊は避難民を引き連れ、山岳地帯へ逃げ込んだ。一方東京では、５１２１小隊危機の報せを受け、ようやく善行が海兵旅団に復帰。だが、対応のすべてが遅きに失し、このままでは小隊の全滅必至―！