外国人師団を私兵化し、北海道共和国の実質的な支配者に収まった死の商人・樺山亮平の野望は、幻獣の知床半島上陸によって潰えようとしていた。日本自衛軍は道東に集中している樺山財閥の工場を次々と破壊し、さらに南下する幻獣の大群を迎え撃つべく着々と準備を整えつつあった。一方、圧倒的な破壊力を誇る人型戦車・神威の正体を探り、これを抑えるべく、5121小隊は総力を結集し、芝村舞は神威のパイロットと接触。この地で世にも凄惨な人体実験が行われていたことを知る。正義のために、目の前で苦しんでいる被験体の少年少女のために、舞は、実験施設の破壊を決意する。北海道独立シリーズ最終章―― ！