突如現れた赤い女によって、友はみんな殺された。しかもそれは親友ノエルと魔術結社“セフィロト”によるものだった。一体何故！？疑問と憤怒をぬぐえないまま命からがら逃亡した縁は、友の寂しそうな笑顔を知らなかった…。そして時は流れ、魔術結社“セフィロト”の手先となったノエルは、すべての物質を破壊、再生できる少女アンジェラを狙って再び縁の前に姿を現す。あの赤い女を連れて―。いつ“変異”するかわからないレベッカを人質にとられ、縁は罠だと知りつつもノエルの待つ超高層ビルに向かう。忍者は友を殺せるか！？魔術と忍術が“箱船”で哀しく交錯する。