死んだ地球のすべてが、時計仕掛けで再現・再構築された世界―“時計仕掛けの惑星”。京都パージ未遂事件から三週間後、マリーのもとに謎の通信が入る。ナオトたちは発信源である区画・三重に向かうが、そこは全てが停止したゴーストタウンと化していた！都市最深部に潜入した彼らが見たのは、条約違反の“巨大兵器”と幼い少女の自動人形―『永遠』を体現する最強のＩｎｉｔｉａｌ‐Ｙ―。「おねえちゃん―わたしを、壊して―」…世界は修正を許さない。破綻した歯車は軋みを上げて螺子狂い、少女の悲嘆をすり潰してなお加速する―！！榎宮祐×暇奈椿×茨乃が紡ぐオーバーホール・ファンタジー第二弾！