人類の播種船シドニアは、太陽系を滅ぼした外宇宙生命体・ガウナの本拠地「大シュガフ船」のあるレム恒星系にたどり着いた。百年前に大災害をもたらした科学者落合が復活するが、辛くも退けて大艦隊はシドニアを発った。そうした中、第一攻撃艦隊とシドニアにシュガフ船団が接近。シドニア防衛か攻撃艦隊援護かで悩む長道。継衛改二を使わせて欲しいと申し出た岐神にシドニア防衛を託し、長道は二零式衛人・劫衛で出撃する！