ジョナサン・ジョースターの子孫、空条承太郎、17歳。ある時突如、「悪霊」のごとき不思議な力をもつようになる。「幽波紋」と呼ばれるその力の発現に、承太郎の祖父、ジョセフはある因縁を確信。100年前、ジョナサンの肉体を奪い生き延びたディオとの深き因縁を…！