１年後の地球破壊を宣言するも、なぜか椚ヶ丘中学校の落ちこぼれクラス３年Ｅ組の担任教師となった謎のタコ型超生物・殺せんせー。潮田渚ほか３年Ｅ組の生徒たちはその超生物の暗殺を政府から託されていた。２学期を迎え、残された暗殺の時間もあと半年。慌しい学園祭が終わり、束の間の安息が訪れたＥ組の前に衝撃の暗殺者が正体を現す！？桜が舞う別れの季節、驚き、笑えて、涙する「暗殺教室」最後の授業が始まる！