「紅の修学旅行」解決！…組織のボスが！？一時的に「新一」の姿に戻ったコナンは、蘭たちと一緒に京都に修学旅行へ！…しかし、連続殺人事件に巻き込まれてしまい…！？そして、『名探偵コナン』最大の謎、「黒ずくめの組織」のボスがついに明かされる−−−−！？