生命誕生という地球史最大の謎―厚い大気の層と穏やかな海を持つ地球。中巻では生命の誕生という地球史最大の謎に迫る。海で生まれた小さな生命は、光合成、呼吸、多細胞化、有性生殖といったさまざまな仕組みを獲得し、ついには重力や乾燥した大気をも克服して陸上に進出する。一方、磁場の形成や地球全体が凍結した氷河時代、オゾン層の形成など、地球環境も変化を重ねてきた。「生命の惑星」地球と生物が共進化するダイナミズムを追う。

第５章　地球と生命の相互作用と共進化（生命の誕生と原核生物
光合成の開始と真核生物
多細胞生物と有性生殖の誕生）
第６章　地球磁場の形成と全球凍結（外核の対流と磁場の誕生
マントルに注入される海水
雪玉地球（スノーボールアース））
第７章　生物の爆発的進化（最後の全球凍結とエディアカラ生物群の誕生
カンブリア紀のバージェス動物群
オゾン層の形成と植物の上陸）
第８章　化石資源の形成と古生代末の大量絶滅（脊椎動物の上陸と「生命維持装置」の獲得
大陸移動と生物の進化
プルームの冬と生物大量絶滅）