住み慣れた東京を離れ、大阪に潜伏していたレインの前に現われたのは、旧知の仲のタツこと警察庁の石倉だった。日本から社会の腐敗を取り除きたいというタツの依頼を断り切れず、東京へ戻ったレインは、一人のやくざを「自然死」させた。だが最後にするはずだったその仕事は、彼をさらに危険な対決へと導くことになる。そしてその背後にはＣＩＡまでが暗躍していた…孤高の暗殺者ジョン・レインが東京の闇を駆ける。