ベビー、トップス、ゴンちゃんはいつものように「ぼうけん」に出かけました。ところが、ある朝、トップスがいなくなってしまいます。トップスをさがす二人の前にあらわれたのは「ほねほねサムライ」のホネ太郎！ホネ太郎は何者か？そしてトップスはどこに？―。

トップスがさらわれた？ベビーとゴンちゃんは、ほねほねサムライのホネ太郎とともに、トップスを救出にむかう。