ある夜のこと、宇宙から暗黒の光と白い光が日本列島へ降ってきた。ふたつの光のうち、白い光は、野原家で夕飯を待ちわびていたしんのすけに命中する。しんのすけの体に不思議なパワーがみなぎり、お尻に力をこめるとオモチャがフワフワと宙に浮く。なんと、しんのすけは超能力を持つ正義のエスパーになったのだ！いっぽう、街で暗黒の光を浴びた非理谷充は、暗黒のエスパーとなり、世界の破滅を望む。正義のエスパー・しんのすけと、暗黒のエスパー・非理谷の超能力大決戦、はたしてその行方は！？小学中級から。