黒海のボスポラス海峡から２０キロの地点で貨物船クリミアンスター号が何者かの襲撃を受け、ひとりを残して乗組員全員が殺される。近くを運行していた沈船の調査船マケドニア号は遭難信号を受信し救助に向かうが、調査中にクリミアンスター号は船尾で爆発が起きて沈没してしまう。マケドニア号に乗っていたＮＵＭＡ（国立海中海洋機関）長官のダーク・ピットは、ユーロポールの特別捜査官アナ・ベロヴァから船の積荷が高濃縮ウランだったとの情報を得て、彼女と協力して調査に乗り出すのだが…。