東大西洋のアゾレス諸島へ向けて航海中、ＮＵＭＡ（国立海中海洋機関）のカート・オースチンは黒煙を上げる貨物船を発見。救助に向かうも、襲撃した海賊は逃走し、貨物船は沈没する。事件の真相を探るべく海底に潜ったオースチンの目に飛び込んできたのは多数の船舶と航空機の残骸が散らばる光景だった。これはいったい…この海域にどんな力が働いているのか？世界中から科学者が調査にやってくるが、オースチンとＮＵＭＡの面々は、逃走した海賊とこの船の墓場に陰謀のにおいを嗅ぎとる。“ＮＵＭＡファイル”シリーズ再始動。