ハリントン教授との接触に成功したグレイたちだったが、敵の攻撃部隊と南極大陸の「影の生物圏」との間で苦戦を強いられる。一方、ヘスを拉致した人物の正体を突き止めたペインターたちは、ブラジルの熱帯雨林を捜索する。その人物―環境保護論者カッター・エルウェスは、ジャングルの奥地で禁断の遺伝子実験を行なっていた。南極および南米のジャングルから未知の生物が解き放たれれば、地球環境に甚大な影響が及び、「六番目の大絶滅」を加速させかねない。その頃、カリフォルニアでは災厄の拡散を阻止するため、米軍による強行作戦の実施が間近に迫っていた。グレイとペインターの決死の努力は間に合うのか？すでに人類は、絶滅への道のりを後戻りのできない地点まで進んでしまっているのだろうか？