奴隷として売られた生き別れの弟、シャバコを探すアイシャのたっての願いで、未知の“新世界”アメリカ大陸へ向かったジャックは、持ち前の知略を駆使してシャバコを見つけだし、救出することに成功。そのシャバコはケルマの王子であり、アイシャの真の姿は王女アメニルディスだった。彼らの父親でファラオのタハルカは、末息子を救うために旅立った先で命を落とした。その現場には、奇遇なことにジャックも居合わせていた。彼とアメニルディス姉弟は、同じ仇を持つ間柄だったのだ。航海を続けるうちに、アメニルディスの勇敢さ、誇り高さに敬意を抱くようになるジャック。ベケットはケルマの宝の略奪だけでなく、島の人々を“黒い金”、すなわち奴隷として酷使することをも企てている。これは自由を愛するジャックの倫理に反する行為だった。ケルマを発見し、アメニルディスとシャバコを送り届けて、ベケットには嘘の報告をするというのがジャックの考えだったが、船にはベケットの手の者が乗り込んでいた。一方、アメニルディスはジャックに特別な感情を抱くようになる。ティア・ダルマから譲り受けた“北を指さない羅針盤”の力で、謎に包まれていたケルマは徐々に近づいてきた。同時に、アメニルディスの不思議な力も目を覚ましはじめる。そこへ、ジャックの因縁の相手を乗せた海賊船、“コルダーニャ号”が現われた…。