医師を装ってコスタリカに潜入していた、ＣＩＡの女性エージェントが拉致される。首謀者は、麻薬取引と兵器の密輪で巨万の富を築く男、通称クリスト。米国は直ちに“ＮＡＶＹ　ＳＥＡＬＳ（ネイビーシールズ）”に出動を要請。隊員たちは敵のアジトを確実かつ正確に急襲し、鮮やかな手腕でエージェント奪還に成功する。だが、押収した誘拐犯の携帯電話から、クリストと緊密な関係を結ぶイスラムのテロリストが、クリストの援助を得て全世界規模のテロを計画していることが判明する。“ＮＡＶＹ　ＳＥＡＬＳ”に新たな指令が出され、選ばれし精鋭（エリート）たちが故郷を旅立っていく。なかでも優秀なローク大尉は妻の第一子妊娠を知るが、恐るべき犯罪を阻止するために、その身を熾烈な任務へと投じるのだった―。