「フラウよ…わたしはお前との約束を守って一千年間戦い続けてきた。けどすまない。わたしはもう疲れてしまったようだ…」妹との約束を守り、長い戦いの日々を続けてきたレイニーであったが、彼女に待ち受けていたのはあまりにも皮肉な運命の悪戯だった。自らの殻に閉じ篭り、まだ人間であった頃の穏やかな日々の回想に身を委ねるレイニー。だがバチカンはそんな彼女をリスクを避けるために処分することを決め、彼女の処遇に猛反発した薫は危険分子として拘束されてしまう。そんな二人を嘲笑うように復活した盟主アロマは、彼女が護り続けてきたこの世界を崩壊させ始める―。