大破してしまった宇宙船・守蛇怪に代わり、天才科学者・鷲羽が建造した新造艦を受け取ったギャラクシーポリス研修生の西南たちは、樹雷の皇族・瀬戸から謎の少女・ネージュ・ナ・メルマスをとある場所まで送りとどける任務を受ける。しかし瀬戸から、海賊艦に遭遇しても攻撃してはならないという指示を受け、さらに艦を制御するユニットまでがひび割れてしまうがその中から「ミャッ！ミャアーン！！」二代目守蛇怪のメインコンピューターユニット兼エネルギージェネレーターである“福”が誕生する。はたして瀬戸の目的とは？そしてネージュの正体とは？―。