悪の組織ファントムセルに“Ｘナンバーズ”と呼ばれる実験体へと改造された真也は、Ｘ島脱出の後、３人の仲間と共にとある学園に身を寄せていた。仮初めとはいえ、平穏な学園生活を過ごす真也たち。だが、ファントムセルの魔手はすぐそこまで迫っていた！仕掛けられた爆弾、突如起こったバスジャック、仲間を巻き込むまいと苦悩する真也。だが彼らを最凶の敵・マスターファントムは逃がさない。次々と巻き起こる異常事態、そして訪れる衝撃の結末にキミは耐えられるか！日常への脱出を描く、待望のシリーズ第二弾。