サキの計らいに除隊した真、しかし平和のなかに安らぎを見いだせず、罪悪感から恋人涼子に会う決心もつかず苦しみの日々を送る。一方、とどまるところを知らないプロジェクト4の野望はアスランのみならず、隣国をも侵略し始める。それに対し、エリア88を降伏・解散し基地を脱出したサキのもとに集まるメンバーたち。彼らはもはや報酬のために戦う傭兵ではない、打倒プロジェクト4の志を抱く戦士たちだ！