異世界に救世主として召還された高校生・省吾は巨大兵器イコノクラストの「御者」として「代行者」をなんとか倒し続ける。周りの期待に応えるべく戦闘訓練に明け暮れる省吾。しかし救うべき民族をも巻き込んだ前回の凄絶な戦いは、彼の心と体を想像以上にむしばんでいた。そして四体目の「代行者」の出現で新たな局面を迎える。省吾とともに異世界へと来てしまった従妹の花梨やメリニたち五人の姫巫女の想いが錯綜する中、省吾の異変を察知した秘密結社「レネゲイド」は恐ろしい行動に出るのだった。