白色彗星帝国との激闘を終えて、一カ月後。宇宙戦艦ヤマトは艦長代理・古代進のもと、新クルーを乗せテスト航海へと旅立つ。一方、デスラーは新帝国建設を目指し、新たな惑星を求める大航海の途についていた。理想と目標を掲げ、それぞれの未来へと前進するふたりの前に新たなる脅威・暗黒星団帝国が現れる！ 邪悪な侵略者からイスカンダルを守るため、古代とデスラーはともに戦う！ 圧倒的なスケールとドラマで、日本じゅうを沸かせ、涙させた傑作ＳＦロマン登場！