日本橋で人気の診療所を開業する医師、蒼月院祐庵。四代将軍徳川家綱を診察したのがきっかけで奥医師に登用され、続く五代将軍綱吉にも仕えることになった。緊縮財政の中、江戸では欲に目がくらむ医師や賭博に身を投げる者が続出。元来癇癪持ちの綱吉は庶民の取り締まりを指示。さらに、前政権下で解決した地方藩の問題「越後騒動」を蒸し返し、藩主たちにも厳罰を下す。心の病を抱えた将軍を医術で支えつつ、祐庵はしだいに政の世界にかかわっていく。