東部と南部の境界近くを旅していたエルリック兄弟は、錬金術師が治める町・ウィスタリアへ視察に行くことになる。「等価交換」を法とした平等で楽園のような町だが、なぜかエドワードは腑に落ちない。その頃、アルフォンスはひとりの少女に出会い、「元の身体に戻りたい」という自分の気持ちに疑問を持つようになる。それぞれの思いを抱え、ふたりが目にした真実とは…。