２０世紀末、突如世界各地に現れた未知の敵イクシス。空間転移を用いる神出鬼没の敵に、恒常的な戦闘を強いられることになった人類は各国正規軍の下に指定防衛高等学校を設立、民間防衛の一助として対処していた。イクシスの出現から１８年。指定防衛高校の一つである朝霧高校へ通う豊崎恵那はある日、友人の照安鞠亜からコンビを組むパートナーが見つけられない悩みを打ち明けられる。引っ込み思案の鞠亜の性格を思い、恵那は自分がパートナーに提案する。だが、それはイクシスに対抗する次なる一手の模索であると同時に恵那と鞠亜たちを巻き込む大きな事件の幕開けでもあった…。