今度はこっちの番だ。　　瀕死状態の上条だが、彼の目には闘志の炎が燃え上がる。大悪魔コロンゾンを完全に打ち倒すため、ツンツン頭の少年は再び拳を握る。　　しかし、大悪魔コロンゾンにはまだいくつも切り札があった。そう、世界の破滅は学園都市の中にいなくとも起こせるのだから……。　　あと一歩が足りない上条の元に、仲間が集ってくる。インデックスと御坂美琴、滝壺理后、イギリス清教、アンナ＝シュプレンゲルにアリスら超絶者たち、そしてアレイスター−−かつては敵でもあった者たちによる総力戦だ。　　今夜、この街で終わらせる！