魔女に代わり、魔獣が蔓延る世界。魔獣との戦いが激化する中で、ほむら達の前に“魔法少女の姿をした魔獣”が現れるようになる。ほむらはまどかの姿をした魔獣に心を囚われ、マミと杏子はたった二人で見滝原を救うべく戦いに身を投じる。彼女達の運命は・・・！？