『門』の開通により再び日本と繋がった特地。海上自衛隊特地担当統括官の江田島五郎一佐、そして部下の徳島甫二曹は、特地碧海周辺で行方不明となった米国籍ジャーナリストの救出任務にあたっていた。無事ジャーナリストを保護した江田島と徳島は、海賊との交戦、さらには海の魔物『鎧鯨』の襲撃など度重なる危機に見舞われながらも、何とかアルヌスへと帰還。任務報告のため一時的に日本へ帰ることが決まった。更に、徳島らと行動を共にしていたティナエ共和国の姫君プリメーラと侍従達もまた、様々な事情と思惑を抱えて訪日を決断する。そして、舞台は日本へ―。自衛隊の海上戦力を間近で目にしていたプリメーラは、故国を脅かす海賊の跳梁を食い止めるため、特地への自衛隊派遣を日本政府に取り付けようと奔走する。マスコミを扇動し、有力な政治家に協力を要請して、ついに海賊対処法案が可決されると思われたその時、プリメーラ達に某国工作員の影が忍び寄る―累計４４５万部の異世界×自衛隊ファンタジーシーズン２、待望の第２章開幕！