日本海に面する、とある“港町”で吹雪水産の社長を務める女子高生の氷川晶。しかし、その真の姿は、ヤクザである吹雪組の組長代理であった。孤児のガンマン“モーゼル・キッド”ジュン。“親殺し”の汚名を着せられたヤクザ、秋月。無骨で愚直な刑事、山田といった仲間たちに支えられながら、困難を切り抜けて、吹雪組とともに、組長として成長していく晶。しかし、組の乗っ取りを企むヤクザの暗躍、巨大犯罪組織“レヴィアハーン”との抗争といった、さらなる荒波が立ちふさがり、晶と仲間たちを翻弄する。晶と吹雪組という船の行く先は、どっちだ！？