“最弱の百騎”との決戦に勝利した蓮也は、ユウリや舞花とともに世界の変革阻止を目的としたクラン“ＣＲＯＷＮ‐ＣＬＯＷＮＳ”を結成する。だが、時を同じくして人々の記憶を改変され、『第六機関』は世界の常識に変じてしまう。戸惑う蓮也たちの前に現れたのは『第六機関』から送られてきた『Ｖ』の“刻印者”“懺悔の聖乙女”ことセリア・ダルクだった。身構える蓮也たちに彼女は正々堂々と告げる。「単刀直入に言います。“不敗の王剣”、世界の変革にあなたの力を貸してください」正義を掲げる謎めいた美少女に誘われ、蓮也は新たな戦いに身を投じることに―！仮想と現実が転遷する、“最強”の近未来ＶＲバトル、急転直下の第三弾！