英雄シドの剣と武技を継承し「真の世界を取り戻す」決意をした少年カイ。聖霊族の英雄・六元鏡光との共闘で謎の怪物・切除器官を撃破。こうして世界輪廻を招いた元凶は、最後の四英雄・幻獣族のラースイーエに絞られた。一方で、順調すぎる世界の解放に戸惑いを覚えながらも、ジャンヌは幻獣族の支配するシュルツ連邦への進出を決意する。切除器官を従えて暗躍を続けるラースイーエ、存在が明かされた二人の“シド”―「この世界の秘密を知る者たち」とカイたちが邂逅を果たすとき、五種族大戦の影に潜んでいた「真の支配者」が目を覚ます―