遺跡探索を生業とするミコトが、今回の調査で見つけたのは眠れる美少女だった。サイファーと名乗った少女は名前以外の記憶をなくしており、さらには見たこともない装備と武装を駆使する能力を持っていた。ミコトのことをマスターと呼び慕ってくるサイファー。しかしミコトは《人型災害》と呼ばれるほどの不幸体質で誰かといるのは好ましくない……のだが、ミコトに降りかかる災いをサイファーはその武力で解決していく。そんな頼もしい彼女が興味を示したのは“恋”することのようで――。人型災害×最終兵器の“恋”をするための旅が始まる。