―我々は、『神々』である。ある日、世界は神々に支配された。彼らは人間に加護を与える代わりに、神々の力を宿した鎧『神鎧』を纏い、邪神と戦うことを求める。神々の僕として選ばれた青年・新島荒士は、邪神と戦うために神鎧の使い方を学ぶべく富士アカデミーへ入学する。この富士アカデミーで学ぶ候補生は彼以外女性ばかりで、荒士は肩身が狭い生活を強いられることに不安な気持ちを抱く。だが、そんな些細な不安を抱く日常は、邪神側の戦士である背神兵の襲撃によって突如として打ち砕かれ―。これは、神々と共存を強いられた青年たちの戦と進化の物語である。