四方を海に囲まれた日本には、有史以前から近代に至るまで、何らかの事情で水のなかに沈んだ遺跡・遺物が数多く存在する。本書では、それらをひとつひとつ読み解きながら、隠された意味を探り、日本史の中に位置づけた。新しい歴史の見方に触れる本。

１　「水中遺跡」が、日本史の謎を解くカギになる（琵琶湖（滋賀）の底に、世界でも珍しい湖底遺跡が眠っていた！
歌聖・柿本人麻呂伝説に彩られた石見の鴨島（島根）の全貌　ほか）
２　海底に沈む船には、歴史の痕跡が封印されている（瀬戸内海に沈んだ坂本龍馬の「いろは丸」に今も遺る幕末日本の記憶
明治時代に和歌山県沖で遭難したトルコ軍艦の水中捜査の行方　ほか）
３　数千、数万の時を超え、歴史の真実は、湖底に眠る（野尻湖（長野）で見つかった古代人とナウマンゾウの痕跡から分かること
三方五湖（福井）で見つかった二つのタイムカプセル　ほか）
４　離島、人工島、幻の島…「島」には日本史の秘密が隠されている（明治末期から約四十年間だけ存在した「中ノ鳥島」をめぐる謎とは？
太平洋戦争前、地図には存在しない島が瀬戸内海にあった理由　ほか）
５　水の中に消えた歴史の真相を追え！（壇ノ浦に沈んだ三種の神器の「草薙剣」をめぐる奇跡の物語
ヴェールに覆われた琵琶湖の「水没村伝承」を読み解く　ほか）